Molekularbiologie und Genetik II (für Studierende der Bioinformatik)
Sommersemester 2009
Die Bioinformatik bedient sich der Informatik, Mathematik, Statistik und EDV, um biologische Daten zu sammeln, organisieren und analysieren. Die biologischen Daten kommen von vielen Bereichen der Wissenschaft, Medizin und Industrie, hierbei spielt jedoch die Genetik eine besondere Rolle. Das Ziel dieser Vorlesungsreihe ist es, Studierenden der Bioinformatik die Grundlagen der Genetik und der Humangenetik zu vermitteln, ohne die ein Verständnis von bioinformatischen Algorithmen und Analysen genetischer Daten nicht möglich ist. Das primäre Ziel dieser Vorlesungsreihe ist nicht die Vermittlung von Algorithmen, jedoch sollen Verknüpfungspunkte zwischen der Genetik und der (Bio)informatik aufgezeigt werden, um auf entsprechende Lehrveranstaltungen in späteren Semstern vorzubereiten. Einfache matlab-Skripten werden zur Verdeutlichung einiger Themen in den Übungen besprochen werden.
| Zeit und Raum: | Dozent: | Kontakt: |
|---|---|---|
| Vorlesungen: Di./Do. 8:15-10:00 Übungen: Mi. Termine werden angekündigt |
Peter N. Robinson | Institut für Medizinische Genetik Charite Universitätsmedizin Berlin Augustenburger Platz 1 13353 Berlin 030 450 569124 peter DOT robinson AT charite DOT de |
Lehrbuch zur Vorlesung
- Tom Strachan, Andrew P. Read, Molekulare Humangenetik, 3. Auflage, 2005. Elsevier Verlag.
Die Fachbereichsbibliothek Mathematik/Informatik in der Arnimallee 3 hält 30 Exemplare des Buches in der Ausgabe 2004 vorrätig (Signatur; XL.0/Strac1a bis XL.0/Strac1z und XL.0/Strac1aa bis XL.0/Strac1ah). - Des weiteren werden ausgewählte populationsgenetische Themen in einigen Vorlesungen behandelt. Hierfür wi ein Skript angeboten.
Übungsblätter mit Lösungen
Repititorium
Bitte sehen Sie sich die oben zum Download bereitgestellten Übungsblätter an und schicken Sie mir Fragen zu den Übungsblättern oder zu anderen Themen bis Dienstag. Am Mittwoch den 8.07.2009 um 10:15 findet ein Repititorium statt. Die Klausur findet am 9.07.2009 um 10 Uhr statt.Links
- matlab tutorial (mathworks site)
- Octave Homepage
- Kurzanleitung: Installation von Octave unter Windows/Linux
- Studiengang Bioinformatik an der FU Berlin
- Human Genome Project Information page (Interessante Sammlung von Materialien über Humangenetik u.v.m.)
Vorlesungsinhalte
1) Chromosomenstruktur und -aberrationen (14.05.2009)
- Strachan & Read, Kapitel 2
2) Vererbungsmuster und Einführung in die Populationsgenetik (26.05.2009)
- Wachstum von Populationen, Konkurrenz, genetische Drift: Skript, Kapitel 1
- Vererbungsmuster, Strachan und Read, Kapitel 4.1, 4.2
Vorlesungs-Dias (am 17.05.2009 aktualisiert)
Vererbungsmuster und Einführung in die Populationsgenetik (2.067,6 kB)
3) Hardy-Weinberg-Gesetz (27.05.2009)
- Fitness, Ausbreitung eines günstigen Allels in einer Population, Relevanz für die Humangenetik: Skript, Kapitel 2
matlab/octave-Skripten
Übung 1 (28.05.2009 8:15h)
4) Kopplungs(un)gleichgewicht (2.06.2009)
- Rekombination, Linkage disequilibrium (LD): Skript, Kapitel 3
5) Genomprojekte und Kartierung des menschlichen Genoms (3.06.2009, 10h)
- Strachan & Read, Kapitel 8.1, 8.2, 8.3, 13.2
6) Organisation des menschlichen Genoms (4.06.2009)
- Strachan & Read, Kapitel 9
7) lod Scores (16.06.2009)
- Strachan & Reed, Kapitel 13
Vorlesungsdias
Übung 3 (--fällt wegen des Bildungsstreik aus--)
8) Assoziation und Identifizierung von Krankheitsgenen (23.06.2009 8:15h)
- Strachan & Reed, Kapitel 14
Vorlesungsdias
9) RNA (24.06.2009 10:15h)
- Strachan & Read, Kapitel 9
10) Molekulare Pathologie und Diagnostik (25.06.2009 8:15h)
- Mutationen: Missense, Nonsense, Frameshift und andere Klassen von Mutationen beim Menschen
- Strachan & Reed, Kapitel 11
Übung 3a
Falls gewünscht kann eine weitere Übung am 30.06. 8:15h stattfinden, bitte Rücksprache per Email oder am 24.06.09 oder am 25.06.09.Übung 4 (1.07.2009 10h)
11) Molekulare Pathologie und Diagnostik (II) (2.07.2009)
- Strachan & Reed Kapitel 16