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[workspace] $ /bin/sh -xe /tmp/hudson5398389866531017261.sh
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--2015-11-30 18:16:25--  http://compbio.charite.de/hudson/job/zp-owl-jar/lastSuccessfulBuild/artifact/trunk/zpgen/target/zp-0.1-SNAPSHOT-jar-with-dependencies.jar
Resolving proxy.charite.de (proxy.charite.de)... 141.42.1.215
Connecting to proxy.charite.de (proxy.charite.de)|141.42.1.215|:8080... connected.
Proxy request sent, awaiting response... 200 OK
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2015-11-30 18:16:34 (820 KB/s) - ‘zp-0.1-SNAPSHOT-jar-with-dependencies.jar’ saved [7435817/7435817]

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--2015-11-30 18:16:34--  http://compbio.charite.de/hudson/job/zp-owl/lastSuccessfulBuild/artifact/zp.owl
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Proxy request sent, awaiting response... 200 OK
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2015-11-30 18:16:40 (2.29 MB/s) - ‘pheno_fish.txt’ saved [4296474/4296474]

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   850K .......... .......... .......... .......... ..........  4%  267K 64s
   900K .......... .......... .......... .......... ..........  4% 20.6M 60s
   950K .......... .......... .......... .......... ..........  4% 21.4M 57s
  1000K .......... .......... .......... .......... ..........  4% 36.6M 54s
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 14050K .......... .......... .......... .......... .......... 63% 39.0M 5s
 14100K .......... .......... .......... .......... .......... 63% 21.8M 5s
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 14200K .......... .......... .......... .......... .......... 63% 18.4M 5s
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 14300K .......... .......... .......... .......... .......... 64% 42.7M 5s
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 14700K .......... .......... .......... .......... .......... 66% 18.7M 4s
 14750K .......... .......... .......... .......... .......... 66% 23.6M 4s
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 14950K .......... .......... .......... .......... .......... 67% 58.0M 4s
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 15050K .......... .......... .......... .......... .......... 67%  363K 4s
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 15200K .......... .......... .......... .......... .......... 68% 26.7M 4s
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 15450K .......... .......... .......... .......... .......... 69% 16.8M 4s
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2015-11-30 18:16:51 (2.03 MB/s) - ‘phenotype_fish.txt’ saved [22806766/22806766]

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Proxy request sent, awaiting response... 302 Found
Location: http://berkeleybop.org/ontologies/uberon.obo [following]
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2015-11-30 18:17:07 (812 KB/s) - ‘uberon.obo’ saved [12532689/12532689]

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INFO: Wrote "zp_withZfaMap_inheresin.owl" in Manchester functional syntax
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INFO: creating ZFA-UBERON mapping
Nov 30, 2015 6:17:23 PM de.charite.zpgen.ZPIDDB <init>
INFO: 18461 previous ids recovered
Nov 30, 2015 6:17:26 PM de.charite.zpgen.ZPGen main
INFO: Wrote "zp_withZfaMap_inheresinpartof.owl" in Manchester functional syntax
+ java -jar zp-0.1-SNAPSHOT-jar-with-dependencies.jar --zfin-pheno-txt-input-file pheno_fish.txt --zfin-phenotype-txt-input-file phenotype_fish.txt -p zp_previous.owl -o zp.owl -a ./ --add-source-information -s zp.annot_sourceinfo --keep-ids
Nov 30, 2015 6:17:33 PM de.charite.zpgen.ZPIDDB <init>
INFO: 18461 previous ids recovered
Nov 30, 2015 6:17:36 PM de.charite.zpgen.ZPGen main
INFO: Wrote "zp.owl" in Manchester functional syntax
Archiving artifacts
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